Fabuła gry jest bezpośrednią kontynuacją wydarzeń z Gothic 2. Główny wątek skupia się wokół wojny z Orkami, przegranej przez ludzkie królestwo zjednoczone pod berłem Rhobara II. Kiedy bohater wraz ze swoimi przyjaciółmi ląduje w Myrtanie zastają kraj ogarnięty konfliktem i podzielony na dwie zwalczające się nawzajem frakcje: Buntowników walczących za króla i wspieranych przez większość ludności, oraz Orków i ich ludzkich najemników. Gracz już w pierwszej minucie gry jest rzucony w wir bitwy, która została rozpętana za sprawą bezimiennego bohatera w opanowanej przez Orków wiosce Ardea. Gracz zabiega o względy poszczególnych frakcji wykonując zadania dla jej członków. Głównym celem rozgrywki jest wybranie jednej z trzech dostępnych dróg. Gracz może opowiedzieć się po stronie Innosa - boga ognia i sprawiedliwości, Beliara - boga ciemności, lub Adanosa - boga równowagi, tym samym wyrównując szanse w wojnie pomiędzy Innosem, a Beliarem i zażegnując konflikt pomiędzy bogami na co najmniej 1000 lat. Innym kluczowym aspektem wokół którego skupia się gra jest poszukiwanie artefaktów, któremu to z rozkazu Xardasa zajmują się Orkowie. Na swojej drodze gracz napotka mnóstwo artefaktów, od pomniejszych dodających niewielkie premie do atrybutów postaci, aż po najpotężniejsze i niezbędne do ukończenia fabuły 5 artefaktów Adanosa: szatę, dwa pierścienie, amulet i koronę. Gra kończy się gdy gracz opowie się po jednej ze stron, zostając nowym królem jeśli opowie się po stronie Beliara, przywracając władzę Rhobarowi II po stronie Innosa, lub niszcząc Artefakty Adanosa, zabijając pierwiastki Innosa i Beliara na Ziemi, tj. Rhobara II i Zubena władcę Assasynów i odchodząc z Xardasem do nieznanych krain.
W grze wyróżniamy następujące strony konfliktu:
Nordmarczycy – lud północy, walczący przeciwko orkom, sojusznicy buntowników, są wśród nich najlepsi kowale i zabójcy orków.
Buntownicy – rojaliści, walczący przeciwko orkom w imieniu króla Rhobara II. Dzielą się na małe grupy.
Orkowie – okupują Myrtanę, walczą z buntownikami, Nordmarczykami i Gońcami Leśnymi.
Asasyni – zamieszkują pustynię Varant, kolaborują z orkami, ich głównymi przeciwnikami są koczownicy.
Koczownicy – sprzymierzeni z buntownikami z Myrtany, pochodzą z Varantu i są przeciwni władzy asasynów, dzielą się na plemiona.
Najemnicy – są na służbie orków.
Gońcy Leśni – nacja broniąca natury i druidów, walczą z orkami tylko wtedy kiedy im zagrażają.
Wysoki poziom reputacji - 75% - pozwala na rozmowę z dowódcą garnizonu (w przypadku miast/wiosek opanowanych przez orków lub asasynów) oraz handel potężniejszymi przedmiotami (25% lub 50%) (np. zbroja paladyna, nordmarczyka itp; w przypadku reputacji ogólnej). Gracz może się podjąć wykonania ogromnej ilości misji - zadań pobocznych i głównych (jest ich wszystkich około 1000).
Zakończenia występujące w grze Gothic 3:
zakończenie po stronie Boga Innosa – dopełnia się moc artefaktów Adanosa - Myrtana uwolniona spod okupacji orków,
zakończenie po stronie Boga Beliara – polega na totalnej eksterminacji czyli zabicie Zubena, wszystkich orkowych władców, Xardasa oraz Rhobara II,
zakończenie związane z tajemniczym planem Xardasa – Bezimienny bohater i Xardas udają się eksplorować Niezbadane Krainy, po zabiciu Zubena oraz króla Rhobara II oraz po zniszczeniu boskich artefaktów w nordmarskim piecu do wytopu rudy.